Nevýhodou alternativních zdrojů aplikací je především horší či zcela chybějící kontrola. Ne, že by se nemohlo stát, že v Obchodě Play narazíte na škodlivý program. Stává se to, nicméně Google má poměrně propracované metody, jak takovou situaci řešit, včetně možnosti vzdálené odinstalace škodlivých aplikací ze zařízení uživatelů. To alternativní obchody s programy nabídnout nemohou.