Nevím co myslíš těmi strukturami, ale hlavní rozdíl je v architektuře chipu - jak pracují výpočetní jednotky, kolik jich je, jak jsou uspořádány, jak pracuje kontroler s řetězením instrukcí, jak jsou jednotlivé instrukce zpracovávány a počítány, jak využívají jednotlivé caches, jak jsou ty caches velké a kolik jich je atd.A toto všechno samozřejmě musí jit ruku v ruce s OS - jak je napsaný na míru procesoru a jak optimálně dokáže s navrženou architekturou spolupracovat.